Un figlio spirituale di Padre Pio residente a Roma, essendo in compagnia di alcuni amici, omise per vergogna, di fare ciò che solitamente faceva passando vicino ad una Chiesa cioè, una piccola riverenza in segno di saluto a Gesù sacramentato. Ecco allora improvvisa e forte giungergli all'orecchio una voce - la voce di Padre Pio - e una parola: "Vigliacco!" Recatosi, dopo qualche giorno a San Giovanni Rotondo, si sentì così apostrofare da Padre Pio: "Attento, questa volta t'ho soltanto sgridato, la prossima volta ti darò un bello scapaccione".

Verso il tramonto, nel giardino del convento, Padre Pio, che sta amabilmente conversando con alcuni fedeli e figli spirituali, si accorge di non avere con se il fazzoletto. Ecco allora rivolgersi ad uno dei presenti e dirgli: "Per favore, ecco la chiave della mia cella, devo soffiarmi il naso, vai a prendermi il fazzoletto". L'uomo si reca nella cella, ma, oltre al fazzoletto, prende uno dei mezzi guanti di Padre Pio e se lo mette in tasca. Non può lasciarsi sfuggire l'occasione di entrare in possesso di una reliquia! Ma al ritorno in giardino, consegna il fazzoletto e si sente dire da Padre Pio: "Grazie, ma ora ritorna nella cella e rimetti nel cassetto il mezzo guanto che ti sei messo in tasca".

Una signora era solita, ogni sera, prima di andare a dormire, inginocchiarsi dinanzi ad una fotografia di Padre Pio e chiedergli la benedizione. Il marito, pur essendo un buon cattolico e fedele di Padre Pio, ritenendo che quel gesto fosse una esagerazione ed ogni volta si metteva a ridere e la prendeva in giro. Un giorno ne parlò con Padre Pio: "Mia moglie, ogni sera si inginocchia davanti alla vostra fotografia e vi chiede la benedizione". "Si, lo so: e tu", gli rispose Padre Pio, "ci ridi sopra".

Un giorno, un uomo, cattolico praticante, stimato ed apprezzato negli ambienti ecclesiastici, andò a confessarsi da Padre Pio. Poiché intendeva giustificare la sua condotta, esordì accennando ad una "crisi spirituale". In realtà viveva nel peccato: sposato, trascurando la moglie, cercava di superare la cosiddetta crisi fra le braccia di un'amante. Purtroppo non immaginava di essersi inginocchiato ai piedi di un confessore "anormale".  Padre Pio, alzandosi di scatto, gridò: "Ma che crisi spirituale! Tu sei uno sporcaccione e Dio è adirato con te. Vattene!"

Un signore raccontava: "Avevo deciso di smettere di fumare e di offrire questo piccolo sacrificio a Padre Pio. A cominciare dal primo giorno, ogni sera, col pacchetto di sigarette intatto in mano, mi fermavo dinanzi alla sua immagine dicendogli: "Padre e uno...". Al secondo giorno "Padre, sono due...". Dopo circa tre mesi, tutte le sere avevo fatto la stessa cosa, andai a trovarlo. "Padre", gli dissi appena lo vidi, "sono 81 giorni che non fumo, 81 pacchetti...". E Padre Pio: "Lo so come lo sai tu, me li hai fatti contare tutte le sere".

L'autista di un automezzo che trasportava turisti in gita nel Gargano era nella sagrestia in attesa di ripartire allorché giunse Padre Pio. L'autista che era in mezzo al gruppo di una decina di persone già confessate, venne additato da Padre Pio che gli disse: "Figliolo, tu non domandi nemmeno una benedizione?" L'autista, sorpreso, usci dal gruppo e si inginocchiò per ricevere la benedizione, ma Padre Pio anziché benedirlo gli domandò: "Ebbene cosa hai fatto?" - "Niente Padre, non ho fatto niente, mi sono confessato due ore fa a Monte Sant'Angelo e ho preso anche la Messa con i turisti che accompagno". "E dopo?" "Ho acquistato degli oggetti di pietà". "No, non sono state le sante immagini a farti bestemmiare ma quelle cose dolci...". L'autista allibito, si rammentò che dopo la Messa aveva bestemmiato perché il numero dei croccanti acquistati risultò essere inferiore a quello desiderato e richiesto dai turisti. Mortificato tentò di dire qualcosa, ma Padre Pio, trattolo in disparte, glielo impedì dicendo: "Non basta: per la strada, nel venire a San Giovanni Rotondo, hai inveito e offeso un carrettiere che non manteneva la destra". L'autista, che aveva risposto di non aver fatto niente, cominciò, confuso, a recitare l'atto di dolore".

Una signora italo-inglese, giunta dall'Inghilterra si presentò al confessionale di Padre Pio, ma questi, anziché confessarla, le sbatte lo sportello in faccia dicendole: "Per te non sono disponibile". Per quale ragione Padre Pio non intendeva confessarla? Dopo aver atteso un paio di settimane durante le quali si era, quasi ogni giorno, presentata al confessionale, la signora venne finalmente ascoltata da Padre Pio. Alla richiesta del perché l'avesse fatta attendere tanto, Padre Pio le rispose: "E tu quanto hai fatto attendere nostro Signore? Ti devi chiedere come Gesù possa accoglierti, dopo i tanti sacrilegi commessi. Tu, per anni, hai mangiato la tua condanna; per anni, a fianco di tuo marito e tua madre, hai fatto la santa comunione in peccato mortale." La donna, pentita, sconvolta, ricevette piangendo l'assoluzione. Quando, qualche giorno dopo riparti per l'Inghilterra era la personificazione della gioia.

Un signore racconta: - "Una sera mangiai qualche fico di troppo. Me ne feci scrupolo. "Ho commesso un peccato di gola - mi dissi - per cui domani, essendo il mio giorno di confessione con Padre Pio, lo confesserò". Il giorno seguente, camminando lentamente nella strada che conduce al convento, feci l'esame di coscienza. Il peccato di gola non mi venne in mente. Mi confessai ma prima di concludere la confessione, prima dell'assoluzione, dissi a Padre Pio: "Ho l'impressione di dimenticare una colpa, forse la più grave, ma non riesco a rammentarla". "Eh via, andiamo" - mi rispose sorridendo - "per due fichi!"

Dio vede tutto e di tutto dovremo dare conto. Il racconto che segue, dimostra che anche i nostri pensieri più nascosti sono conosciuti da Dio.  Un uomo, nel 1920 si presenta al convento dei cappuccini per parlare con Padre Pio, certamente non è un penitente come tanti altri in cerca di perdono anzi, a tutto pensa tranne che al perdono. Appartenente ad una banda di criminali incalliti, quest'uomo ha fermamente deciso di sbarazzarsi della moglie per convolare a nuove nozze. Vuole ucciderla e al tempo stesso procurarsi un alibi indiscutibile. Sa che sua moglie è devota di un Frate che vive in un paesino del Gargano, li nessuno lo conosce e può mettere facilmente in atto il suo piano omicida. Un giorno quest'uomo convince con una scusa la moglie a partire. Quando giungono in Puglia, la invita a fare visita a quel personaggio di cui tanto già si parla.  Alloggia la moglie in una pensione appena fuori paese e si reca da solo al convento per ritirarle le prenotazione della confessione, quando questa poi andrà dal frate lui si farà vedere in paese per costruirsi un alibi. Cerca un'osteria e conosciuti degli avventori li inviterà a bere e a farsi una partita a carte. Allontanandosi più tardi con una scusa si recherebbe ad uccidere la moglie appena uscita dalla confessione. Tutto intorno al convento è aperta campagna e nella penombra della sera nessuno si accorgerà di nulla, tanto meno di chi sotterra un cadavere. Poi tornato continuerebbe ad intrattenersi con i compagni di giuoco per poi ripartire, da solo, così come è arrivato. Il piano è perfetto ma non ha tenuto conto della cosa più importante: mentre lui pianifica l'omicidio, qualcuno ascolta il suo pensiero. Giunto al convento vede Padre Pio che confessa alcuni paesani, preda di un impulso che neanche lui riesce a ben contenere, presto si inginocchia ai piedi di quel confessionale degli uomini. Non ha finito neanche il segno della croce che dal confessionale escono delle urla inconcepibili: "Via! Via! Via! Non sai che è proibito da Dio macchiarsi le mani di sangue con un omicidio? Vattene! Vattene!" -

Raccontava il padre Guardiano del convento di San Giovanni Rotondo: - "L'altro giorno, un commerciante di Pisa è venuto a domandare a Padre Pio la guarigione della figlia. Il padre lo guarda e dice: "Tu sei ben più malato di tua figlia. Io ti vedo morto". "Ma no, ma no, io sto benissimo..." - "Sciagurato!" - grido Padre Pio - "Disgraziato! Come puoi star bene con tanti peccati sulla coscienza? Ne vedo almeno trentadue!" Immaginate lo stupore del commerciante. Dopo la confessione egli raccontava a chiunque voleva sentirlo: "Egli sapeva già tutto e mi ha detto tutto!"

Un sacerdote raccontava una avventura capitata ad un suo confratello che era venuto da molto lontano per confessarsi con Padre Pio. Egli aveva dovuto cambiare treno ed aspettare molte ore a Bologna. Dopo la confessione Padre Pio gli domandò: "Figlio mio, non ricordi altro?" - "Niente Padre mio" - "Vediamo, cerca un pò..." - Questi aveva un bell'esaminare la coscienza; non trovava nulla. Allora Padre Pio gli disse con estrema dolcezza: "Figlio mio, ieri mattina, sei arrivato a Bologna alle 5.00 del mattino. Le chiese erano ancora chiuse. Invece di aspettare sei andato all'albergo per riposare un pò prima della Messa. Ti sei steso sul letto e poi ti sei addormentato così profondamente, da non svegliarti che alle tre pomeridiane, allorché era già troppo tardi per celebrare. Lo so, non l'hai fatto per malizia, ma fu una negligenza che ferì Nostro Signore."

Ai tempi delle grandi folle che accorrevano da Padre Pio, venivano inviati al convento due carabinieri che gli stavano accanto per proteggerlo. Un giorno in sagrestia mentre stava togliendosi i paramenti sacri, dopo la celebrazione della Messa, il Padre si rivolse sorridendo ad uno dei due carabinieri: "Appena hai finito qui e ho fatto il ringraziamento della Messa, vieni alla mia cella che ti devo parlare". Il carabiniere tutto contento attese che il Padre finisse e poi andò nella cella del religioso. "Senti", gli disse Padre Pio, "tra otto giorni al massimo tu vai alla casa paterna e te ne muori, figlio mio". "Ma Padre, sto benissimo", disse il carabiniere. "Non te ne incaricare", aggiunse il cappuccino. "starai meglio fra otto giorni. Che cosa è questa vita? Un pellegrinaggio; siamo in treno figlio mio. Domanda la licenza e vatti aggiustare quell'affare a casa tua. Domani te ne muori e che ne sanno i parenti?"  Il carabiniere frastornato da queste parole chiese: "Padre posso raccontare quanto mi avete detto?"- "Per ora no", rispose il Padre, "Lo dirai solo quando sarai a casa". Il giovane scese a San Giovanni Rotondo e chiese un permesso per andare a casa. Il maresciallo non volle concederlo perché non vi era nessuna motivazione adeguata ma su intercessione dello stesso Padre Pio presso il maresciallo, il carabiniere ottenne la licenza. Giunto a casa il carabiniere disse ai suoi genitori: "Padre Pio mi ha detto che morirò, sono venuto a salutarvi". Dopo otto giorni il carabiniere morì.

Oltre alle visioni, i religiosi del convento di Venafro, che ospitarono Padre Pio per un tempo, furono testimoni di altri fenomeni inspiegabili. In quel suo stato di grave malattia, Padre Pio dimostrava di essere in grado di leggere i pensieri delle persone. Un giorno Padre Agostino andò a trovarlo. "Questa mattina faccia una particolare preghiera per me", gli chiese Padre Pio. Scendendo in chiesa, Padre Agostino decise di ricordare il confratello in maniera speciale durante la Messa, ma poi se ne dimenticò.  Tornato dal Padre questi gli domandò: "Ha pregato per me?"- "Me ne sono dimenticato" rispose Padre Agostino. E Padre Pio: "meno male che il Signore ha accettato il proposito che lei ha fatto mentre scendeva le scale".

Alla sollecitata e ripetuta chiamata per confessare un uomo, Padre Pio che pregava in coro, alza la testa e severamente dice: "Insomma questo tale ha fatto aspettare venticinque anni nostro Signore per decidersi e confessarsi ed egli non può aspettare cinque minuti me? Fu constatato che il fatto era vero.

Lo spirito profetico di Padre Pio visto da Padre Carmelo che fu Superiore del Convento di San Giovanni Rotondo, è racchiuso in questa testimonianza: - "Durante l'ultima guerra mondiale, quasi ogni giorno si parlava della guerra e, soprattutto delle strepitose vittorie militari della Germania su tutti i fronti di battaglia. Ricordo che una mattina lessi nel salottino del convento, il giornale con la notizia che le avanguardie tedesche erano ormai in direzione di Mosca. Fu per me un colpo di fulmine: vidi in quel flash giornalistico, la fine della guerra con la vittoria finale della Germania. Uscendo nel corridoio, incontrai il venerato Padre e, tutto contento, esplosi gridando: "Padre, è finita la guerra! La Germania l'ha vinta". - "Chi te lo ha detto?"- chiese Padre Pio. - "Padre, il giornale" risposi. E Padre Pio: "La Germania ha vinto la guerra? Ricordati che la Germania, questa volta, perderà la guerra, peggio dell'altra volta! Ricordatelo!".  - Replicai: "Padre, i tedeschi già stanno vicino a Mosca, quindi...". - Egli aggiunse: "Ricordati di quello che ti ho detto!". Io insistetti: "Ma se perde la guerra la Germania, vuol dire che la perderà anche l'Italia!" - Ed Egli, deciso: "Bisognerà vedere se la finiranno insieme". Quelle parole mi furono del tutto oscure, allora data l'alleanza Italia-Germania, ma si rivelarono chiare l'anno successivo dopo l'armistizio con gli anglo-americani dell'8 settembre 1943, con la relativa dichiarazione di guerra dell'Italia alla Germania.

Una signora racconta:

"Volli partecipare anche io ad un viaggio organizzato per San Giovanni Rotondo allo scopo di conoscere ed avvicinare Padre Pio. Era l'anno 1961. Nel pullman un signore, a voce alta, ad un tratto disse: "Mia moglie ha voluto che l'accompagnassi da questo "impostore". Il riferimento al caro Padre era evidente. Ebbi una stretta al cuore per quell'insulto. Quando fummo a San Giovanni Rotondo, ci recammo subito in chiesa per partecipare alla Santa Messa. Al termine Padre Pio passò tra i pellegrini. Giunto vicino a noi, si fermò proprio di fronte a quel signore che nel pullman aveva detto male di lui e disse: "Venga qui, lei" Venga da questo impostore". L'uomo impallidì, si inginocchiò e, balbettando, riuscì a dire soltanto: "Perdonatemi, Padre! Perdonatemi!", Padre Pio allora gli mise una mano sulla testa e, benedicendolo, aggiunse: "Alzati, ti perdono". Quel signore convertì all'istante, tra l'ammirazione e la commozione di tutti."

Racconta una signora: - "Nel 1945 mia madre mi portò a San Giovanni Rotondo per conoscere di persona Padre Pio e per farmi confessare da lui. C'era tanta gente! Nell'attesa del mio turno pensai a tutto ciò che dovevo dire al Padre ma, quando fui alla sua presenza, rimasi letteralmente bloccata. Il caro Padre si accorse subito della mia timidezza e, con un sorriso mi disse: "Vuoi che parli io per te?" Annuii con un cenno del capo e, dopo qualche attimo, rimasi sbalordita. Non mi sembrava vero! Padre Pio mi disse, parola per parola, tutto ciò che io avrei voluto dirgli. Mi sentii tranquilla, serena e mentalmente ringraziai il venerato padre per avermi fatto fare l'esperienza di uno dei suoi straordinari carismi. Affidai a lui la salute della mia anima e del mio corpo. Rispose: "Sarò sempre il tuo padre spirituale!" Mi congedai da lui con una gioia immensa nel cuore. Mentre ero in treno, sulla via del ritorno, avvertii un intenso profumo di fiori che non dimenticherò mai!.

Padre Pio era in grado di riconoscere se un uomo era un sacerdote e se determinati oggetti erano benedetti. I fenomeni di ierognosia rientravano fra i tanti carismi posseduti da Padre Pio.

Un giorno una signore vestito in "principe di Galles" e tanto di cravatta al collo se ne stava in sacrestia con gli altri uomini in attesa dell'arrivo di Padre Pio. Era proprio in prima fila. Padre Pio appena scortolo gli disse: "Reverendo, siete venuto "travestito", ma non dovete vergognarvi di venirmi a trovare, la prossima volta tornate vestito da prete".

Ad un giovane, in pantaloni e maglione, Padre Pio disse di andarsene e di tornare vestito con l'abito di San Domenico. Confuso, imbarazzato, il giovane confessò davanti a tutti di essere un sacerdote domenicano.

A volte, allorché a Padre Pio gli presentavano degli oggetti (corone del Rosario, medagliette, immagini sacre) con la richiesta di benedirli, il Padre restituiva al richiedente qualche oggetto con la precisazione: "Questo è già stato benedetto". Ed era vero.

Padre Pio "sentiva" se un'acqua era da benedire o era acqua benedetta. E se qualcuno gli presentava una bottiglia con dentro dell'acqua di Lourdes, lui, senza fare domande, la portava alle labbra e la baciava.

Il tranviere romano al quale apparve la Madonna in una grotta alle tre fontane di Roma (la Vergine della Rivelazione) un giorno si recò a trovare Padre Pio. Ecco il suo racconto: "Quando fui al suo cospetto - non c'eravamo mai incontrati - gli porsi una bustina senza dirgli che cosa conteneva. Padre Pio la prese, la strinse al petto con trasporto e non me la restituì. La bustina conteneva un pò di terra della grotta delle Tre Fontane".