Le apparizioni cominciarono già in tenera età. Il piccolo Francesco non ne parlava perché credeva che fossero cose che accadevano a tutte le anime.  Le apparizioni erano di Angeli, di Santi, di Gesù, della Madonna, ma alle volte, anche di demoni. Negli ultimi giorni di dicembre 1902, mentre stava meditando sulla sua vocazione, Francesco ebbe una visione. Ecco come la descrisse, diversi anni dopo, al suo confessore (nella lettera usa la terza persona): "Francesco vide al suo fianco un uomo maestoso di rara bellezza, splendente come il sole, che presolo per la mano lo incoraggiò con il preciso invito: "Vieni con me perché ti conviene combattere da valoroso guerriero". Fu condotto in una spaziosissima campagna, tra una moltitudine di uomini divisa in due gruppi: da una parte uomini dal volto bellissimo e ricoperti di vesti bianche, candide come la neve, dall'altra uomini di orrido aspetto e vestiti di abiti neri a guisa di ombre oscure. Il giovane collocato fra quelle due ali di spettatori, si vide venire incontro un uomo di smisurata altezza da toccare con la fronte le nuvole, con un volto orrido. Il personaggio splendete che aveva al fianco lo esortò a battersi con il personaggio mostruoso. Francesco pregò  di venire risparmiato dal furore dello strano personaggio, ma quello luminoso non accettò: "Vana è ogni tua resistenza, con questo conviene azzuffarti". Fatti animo, entra fiducioso nella lotta, avanzati coraggiosamente che io ti sarò dappresso; ti aiuterò e non permetterò che egli ti abbatta".  Lo scontro fu accettato e risultò terribile. Con l'aiuto del personaggio luminoso sempre vicino, Francesco ebbe le maglio e vinse. Il personaggio mostruoso, costretto a fuggire, si trascinò dietro quella gran moltitudine di uomini di orrido aspetto, fra urla, imprecazioni e grida da stordire. L'altra moltitudine di uomini dal vaghissimo aspetto, sprigionò voci di plauso e di lodi verso colui che aveva assistito il povero Francesco, in sì aspra battaglia. Il personaggio splendido e luminoso più' del sole, pose sulla testa di Francesco vittorioso una corona di rarissima bellezza, che vano sarebbe descriverla. La corona venne subito ritirata dal personaggio buono il quale precisò: "Un'altra più bella ne tengo per te riservata. Se tu saprai lottare con quel personaggio col quale or ora hai combattuto. Egli tornerà sempre all'assalto... ; combatti da valoroso e non dubitare nel mio aiuto...non ti spaventi la di lui molestia, non paventare della di lui formidabile presenza... . Io ti sarò vicino, io ti aiuterò sempre, affinché tu riesca a prostrarlo". Tale visione fu seguita, poi, da reali scontri col maligno. Padre Pio sostenne infatti numerosi scontri contro il "nemico delle anime" nell'arco della sua vita, con il proposito di strappare le anime dai lacci di satana.