Il Tribunale istituito per l'occasione dall'arcivescovo di Manfredonia-Vieste-San Giovanni Rotondo, mons. Domenico Umberto D'Ambrosio, delegato della Santa Sede per il Santuario e le Opere di Padre Pio veniva presieduto dallo stesso Presule ed è composto da: fr. Francesco Colacelli, sacerdote cappuccino, con il ruolo di delegato dell'Arcivescovo; don Michele Nasuti, del clero diocesano, con l'incarico di promotore di giustizia, e fr. Francesco Dileo, come notaio attuario. La loro nomina è contenuta in un decreto di mons. D'Ambrosio, firmato in mattinata e letto durante la stessa serata del 28 febbraio dal cancelliere della Curia di Manfredonia-Vieste-San Giovanni Rotondo, don Matteo Tavano. Con lo stesso documento è stata nominata anche la commissione dei periti per l'esumazione e la ricognizione canonica: Orazio Pennelli (medico legale, sovrintendente e direttore dell'area sanitaria della Fondazione "Istituto San Raffaele G. Giglio" di Cefalù), Luigi Pacilli (specializzato in Igiene, Medicina preventiva e Statistica sanitaria, direttore sanitario di Casa Sollievo della Sofferenza), Nicola Silvestri (medico legale, direttore sanitario della ASL di Barletta-Andria-Trani), Michele Bisceglia (anatomo patologo di Casa Sollievo della Sofferenza) e Nazzareno Gabrielli (perito del Vicariato di Roma per la conservazione dei santi, biochimico in servizio presso la Santa Sede, che ha già trattato i corpi di numerosi santi e beati, tra cui i papi Giovanni XXIII, Pio IX, Pio X; don Orione; i coniugi Beltrame-Quattrocchi; Chiara d'Assisi; Giovanni della Croce e Francesca Saverio Cabrini). A loro si affiancavano, per le incombenze materiali: Giovanni Di Modugno, Vincenzo Masciaveo, Nunzio Ladogana, Matteo Marinano, Raffaele Mischitelli e i fratelli Giovanni, Michele e Antonio Valerio.

Dopo la lettura del decreto tutti i nominati giuravano fedeltà sul Vangelo per gli adempimenti inerenti l'esumazione e la ricognizione canonica delle spoglia mortali di San Pio da Pietrelcina.

A questo punto, l'Arcivescovo D'Ambrosio chiamava cinque testimoni della sepoltura di Padre Pio, avvenuta alle 22,30 del 26 settembre 1968: l'ufficiale sanitario dell'epoca, Dr. Giovanni Grifa; i muratori Gennaro Ricciardi e Domenico Perno; gli stagnini Antonio e Matteo De Bonis. A loro mons. D'Ambrosio ha chiesto l'assicurazione di aver trovato il sepolcro nelle stesse condizioni in cui è stato lasciato dopo la tumulazione. La loro risposta affermativa è stata, poi, confermata con giuramento sul Vangelo.

Al termine della serata veniva rimosso il blocco monolitico di marmo verde che sovrastava la tomba di Padre Pio, con l’ausilio di quattro binde e di sei rulli di teflon. Infine veniva rimosso il gradino di marmo rosa sottostante, lasciando a vista uno strato di sabbia bianca.

La breve cerimonia del 28 febbraio si concludeva con la benedizione dell’Arcivescovo, il canto della “Salve Regina” e la lettura del verbale, controfirmato da quattro testimoni: il ministro provinciale della Provincia religiosa “Sant’Angelo e Padre Pio” dei Frati Minori Cappuccini fr. Aldo Broccato, il guardiano del Convento di San Giovanni Rotondo fr. Carlo Maria Laborde, il commissario della Città di San Giovanni Rotondo Michele Di Bari e il sindaco di Pietrelcina Gennaro Fusco.