Il giorno dell'inaugurazione della chiesa "grande" di Santa Maria delle Grazie, avvenuta nel 1959, Padre Pio, prevedendo che avrebbe fatto «più chiasso da morto che da vivo», rimproverava i suoi confratelli, dicendo loro:
«Che cosa avete fatto: una scatoletta di fiammiferi?».
Il flusso dei pellegrini, raggiungendo circa sei o sette milioni all'anno, oggi gli dà ragione. La nuova chiesa del pellegrinaggio commissionata alla Renzo Piano Building Workshop, è stata la risposta dei frati alle necessità dei fedeli.
La «Fabbrica della Chiesa», iniziata nel 1994, si è conclusa il 1° luglio 2004 con la dedicazione a "San Pio da Pietrelcina" . E' stato necessario scavare 70.000 metri cubi di roccia.
L'opera si sviluppa su una superficie complessiva di circa 9.200 mq. con una capacità di 7.000 posti a sedere, sulla base di un coefficiente di sicurezza ampliamente cautelativo. Ma nelle grandi occasioni il grande sagrato permetterà a 30.000 fedeli di poter assistere alle cerimonie religiose.
Il progettista Renzo Piano è uno dei più grandi architetti viventi.
Il santuario, unico nel suo genere, ha la forma della conchiglia e darà lustro a San Giovanni Rotondo dal punto di vista artistico. I suoi diciassette arditi e possenti archi, disposti a raggiera, realizzati con blocchi di pietra garganica forte come la fede dell’uomo, costituiscono la struttura portante della struttura secondaria in legno e acciaio che sorregge la volta, e convergono tutti nel punto dov’è l’altare del sacrificio di Cristo che è la pietra angolare che regge il Regno di Dio.
L'altare è opera dell'artista Arnaldo Pomodoro.
L'organo a canne è il più grande mai costruito in Italia del tipo meccanico.
In corrispondenza dell’altare, nella parte sottostante, c’è l’unico enorme plinto centrale in cemento armato, su cui poggiano gli archi, frutto di un’unica gittata durata 74 ore, ottenuta con l'avvicendamento continuo, diurno e notturno, delle betoniere. In chiesa si accede passando sotto un grande arco con un’ampia vetrata luminosa, che per gli israeliti simboleggiava la pace tra l’uomo e Dio, come l’arcobaleno apparso dopo il diluvio universale.
Il 19 aprile 2010 il corpo di Padre Pio ha lasciato la chiesa del convento di San Giovanni Rotondo ed è stata traslata nella cripta del nuovo santuario.
