Si compone della vecchia chiesina e della nuova basilica. Tutte e due sono dedicate a Santa Maria delle Grazie.
La vecchia chiesina:
- 1540: inizio della costruzione.
- 5 luglio 1676: con grande solennità viene consacrata e dedicata a Santa Maria delle Grazie.
Possiede una graziosa lunetta, che raffigura la Madonna col bambino, San Francesco e San Michele Arcangelo.
Ai lati della porta ci sono due lapidi, infisse dal comune di San Giovanni Rotondo per ricordare due date: i cinquant'anni di sacerdozio di Padre Pio (10 agosto 1910 - 10 agosto 1960) e i suoi cinquant'anni di permanenza a San Giovanni Rotondo (1916 - 1966).
All'interno è da notare l'altare di San Francesco, sul quale Padre Pio ha celebrato la Santa Messa dal 1945 al 1959.
La nuova basilica:
Opera dell'architetto Giuseppe Gentile di Boiano (Campobasso).
- 2 luglio 1956: inizio della costruzione.
- 1 luglio 1959: consacrazione da parte di mons. Paolo Carta, vescovo di Foggia.
- 2 luglio 1959: il cardinale Federico Tedeschini incorona il quadro di Santa Maria delle Grazie.
È a tre navate; in fondo a quella centrale, sulla parete dell'abride, domina il grandioso mosaico, raffigurante la Madonna delle Grazie, opera del prof. Bedini, eseguito dalla scuola vaticana del mosaico.
Nelle navate laterali, sugli altari sono montati otto mosaici, eseguiti dalla scuola vaticana su disegni del prof. Antonio Achilli e padre Ugolino da Belluno (limitatamente al mosaico della Madonna del Rosario).
