Distante dal centro abitato vi è il Convento dei Cappuccini dove visse ed operò il Frate di Pietrelcina.

Nel convento si trova la cella n. 5 che il Padre occupò al suo arrivo a S. Giovanni Rotondo fino al 1940, anno in cui fu trasferito nella cella numero 1, che Padre Pio occupò fino al 1968. All'interno vi è il letto, il Crocifisso, una cassa per la biancheria, un comodino, una scrivania, due sedie ed uno scaffale pensile con alcuni libri. Non è permessa la visita alla cella perché fa parte della zona coperta dalla clausura. Di fronte vi è poi una piccola cappella con una statua della Vergine inserita in una nicchia, in questa cappella Padre Pio celebrò messa durante il periodo di segregazione dall'11 giugno 1931 al 15 luglio 1933, la messa durava circe tre ore.

• La costruzione fu iniziata nel 1538, su richiesta ed a spese del popolo e con il consenso dell'arcivescovo sipontino, cardinale Giovanni Maria di Monte S. Sabino, poi Papa Giulio III.
• Il terreno, comprendente una casetta di campagna ed un pozzo, fu donato da un certo Orazio Antonio Landi.
• Nel 1540, i frati ne presero possesso, testimoniando Dio con santità di vita e ricevendo in compenso divina assistenza.
• Il 1 febbraio 1575, vi alloggiò Camillo De Lellis, il quale, dopo una lunga conversazione con padre Angelo, superiore del convento, decise di cambiar vita.
• 1811: il convento viene chiuso una prima volta.
• 1818: viene riaperto.
• 1867: all'inizio dell'anno il convento viene chiuso nuovamente.
• 1867, 20 ottobre: convento, chiesa, terreno, mobili ed arredi passano al Comune di San Giovanni Rotondo per gli usi contemplati dall'art. 20 della legge eversiva del 7 luglio
• 1866. Fino al 1908 il convento viene adibito a mendicicomio.
• 1904: il provinciale Padre Pio da Benevento fa diversi tentativi presso l'amministrazione comunale per riavere il convento.
• 1909: il provinciale padre Benedetto da San Marco in Lamis riottene il convento e, all'inizio di settembre,i frati ne riprendono il possesso.
• 1916: 28 luglio, arriva Padre Pio da Pietrelcina. D'ora in poi la storia del convento sarà legata a quella del beato Padre.