Questa chiese risale al 1300. Nel 1344 il 23 aprile il papa Clemente VI con bolla pontificia concesse ai suoi visitatori particolari indulgenze.

Dal 1500 non fu più sede parrocchiale ma per iniziativa dell'università di San Giovanni Rotondo, ottenne da "Consalvus Ferrande, dux terrae novae" il permesso di celebrare, l'11 giugno la festa del santo da cui prende il nome.

Sull'epigrafe in pietra posta sul portale di ingresso, si legge che è stata edificata per volere di Federico II di Svevia, nell'anno 1231. Originariamente costituita da un impianto tardo romanico, oggi si presenta come un armonioso insieme di elementi caratterizzanti diversi periodi storici. Conserva al suo interno tracce di affreschi medievali, una "Natività" di A. Ciccone e un dipinto raffigurante il "Battesimo di Gesù Cristo" di F. P. Fiorentino. Si venera, in particolare, il culto della Vergine del Monte Carmelo.