Durante la II Guerra Mondiale, a Bari c'era anche il Comando Generale delle Forze Aeree statunitensi. Diversi Ufficiali raccontavano di essere stati salvati da Padre Pio durante le operazioni aeree. Perfino il Generale Comandante era stato protagonista di un episodio clamoroso.  Un giorno aveva voluto pilotare egli stesso una squadriglia di bombardieri per andare a distruggere un deposito di materiale bellico tedesco che era stato segnalato a San Giovanni Rotondo.  Il Generale raccontava che nei pressi del bersaglio, lui e i suoi uomini avevano visto ergersi nel cielo la figura di un frate con le mani alzate. Le bombe si erano sganciate automaticamente cadendo nei boschi, e gli aerei avevano fatto una inversione di rotta, senza alcun intervento da parte dei piloti e degli Ufficiali. Tutti si chiedevano chi era quel frate cui gli aerei avevano obbedito. Qualcuno disse al Generale Comandante che a San Giovanni Rotondo viveva un frate taumaturgo ed egli decise che appena il paese fosse stato liberato, sarebbe andato a controllare se era lo stesso frate visto nel cielo. Dopo la guerra il Generale accompagnato da alcuni piloti, si recò al convento dei cappuccini. Appena varcata la soglia della sacrestia si trovò di fronte a vari frati, tra i quali riconobbe immediatamente quello che aveva fermato i suoi aerei. Padre Pio gli si fece incontro e, mettendogli una mano sulla spalla, gli disse: "Dunque sei tu quello che voleva farci tutti fuori".  Folgorato da quello sguardo e dalle parole del Padre, il Generale si inginocchiò davanti a lui. Come al solito Padre Pio aveva parlato in dialetto beneventano, ma il Generale era convinto che il frate avesse parlato in inglese.  I due divennero amici ed il Generale, che era protestante, si convertì al cattolicesimo.