Fra Daniele, al secolo Michele Natale, nasce a San Giovanni Rotondo l'11 marzo 1919 da Berardino e Angelamaria De Bonis, entrambi coltivatori e pastori. È il quarto di sette figli. La sua infanzia è provata dalle conseguenze disastrose lasciate dalla prima guerra mondiale e dall'eccidio di alcuni sangiovannesi (14 ottobre 1920).

Michelino - come veniva chiamato in famiglia impara subito a leggere e ad interpretare i comportamenti dei genitori, dei familiari, dei contadini e dei pastori: i loro volti segnati dalla povertà e dalla sofferenza restano nella sua mente e nel suo cuore. Michelino è di temperamento brioso, allegro con tutti, ma anche sensibile verso coloro che vivono in ristrettezze economiche ed hanno ancora aperte ferite morali causate dalla guerra. A cinque anni e mezzo Michelino comincia a studiare, ma i suoi studi regolari non vanno oltre la terza elementare, anche se le sue conoscenze del mondo rustico-agreste diventano ricche e profonde. Diviene molto abile nelle attività agro-pastorali. Sin da piccolo aiuta i genitori e i fratelli nei lavori dei campi e dei pascoli. Si rende utile anche economicamente andando come pastorello presso la famiglia Napoletano-Giuliani, soprannominata <>. la cui masseria è a metà strada tra San Giovanni Rotondo e Cagnano Varano.

Qui, unitamente ad un compagno, ammira più volte un enorme uccello bianco che si posa nelle vicinanze e spesso nota anche un fascio di luce luminosa, proveniente da San Giovanni Rotondo, posarsi su di loro. Più tardi fra Daniele spiegherà questi fenomeni come segni della bontà del Signore ed espressioni della protezione di padre Pio che lo seguiva fin da allora. I datori di lavoro, senza figli, trattano il ragazzo con affetto filiale, tanto da soffrirne quando Michelino viene richiamato in paese dai genitori.